原分所是在李遠哲院士與幾位海內外知名的化學與物理學家共同的推動下，於一九八二年九月正式開始籌備的。中研院籌組原分所的目的是提供一個優良的研究環境讓科學家從事與原子和分子相關的跨領域基礎物理化學研究。 歷經了十三年的努力，原分所終於在一九九五年春天奉准正式成為中研院的第十八個研究所。由於前三位所長（張昭鼎博士，林聖賢院士與劉國平院士）卓越的領導、歷任諮詢委員有遠見的指導、國人對中央研究院與日俱曾的支持、以及全體同仁共同的努力，本所漸漸成長、茁壯，至今在國際上已佔有一席之地。在此我謹代表原分所的同仁感謝大家多年來給我們的鼓勵。

      原分所目前有二十七位研究人員，九位分別來自台灣大學，交通大學與師範大學的合聘研究員，以及十五位行政與技術人員。我們的研究人員大致上分為：化學動態學與光譜、尖端材料與表面科學、生物物理與分析技術，以及原子物理與光學四個研究群。最近幾年來，本所在交叉分子束反應動態學的研究成果斐然、享譽國際；我們在先進奈米材料科技的研究也有相當不錯的成果。在我們努力提昇既有的優良研究計畫的同時，我們也希望能將物理與化學的基礎研究和生物、奈米與資訊等三項二十一世紀最重要的科技相結合。為了迎接這項艱巨的挑戰，本所目前正在推動四項尖端科技研究，第一是探究光合作用系統的化學反應過程，第二是超強雷射電磁場下的物理現象之研究，第三是光譜與質譜分析技術在生物與奈米科技之應用，第四是利用雷射光冷卻原子與分子的科技研發。相信在不久的將來，我們會在這四個領域作出令國人引以為榮的成績。